En bref
Sert à obtenir des résumés PheWAS compactes de UKB-TOPMed, pour un seul variant, en acceptant un rsID, une entrée GRCh37 ou GRCh38, et en les résolvant vers la requête GRCh38 exigée. Dès qu’un appelant veut des résultats d’association UKB-TOPMed concis, pour un variant. Les appels passent par scripts/ukb_topmed_phewas.py. Il faut fournir exactement l’un des champs rsid, grch37, grch38 ou variant, puis résoudre vers la requête canonique GRCh38 chr:pos-ref-alt, avant d’appeler UKB-TOPMed. On commence à dix résultats, et l’on n’augmente que si la première tranche ne suffit pas.
Ce que ça fait
- Accepte un rsID, GRCh37 ou GRCh38, et résout vers une requête GRCh38
- Ne traite qu’un variant à la fois, et commence à une dizaine de résultats
Pour qui, et un exemple
Les chercheurs qui veulent les associations PheWAS UKB-TOPMed d’un variant, à partir d’un rsID ou de coordonnées.
Exemple de demande : « Pour ce rsID, donne-moi un résumé PheWAS UKB-TOPMed, après résolution en GRCh38. »
Un résumé PheWAS UKB-TOPMed d’un seul variant, en acceptant un rsID, GRCh37 ou GRCh38, et en résolvant vers la requête GRCh38 exigée : c’est le rôle de cette skill. Exemple rédigé par iadujour.fr à partir du SKILL.md, non testé.
Installer
Dans Codex : codex plugin add life-science-research@openai-curated (marketplace officielle du dépôt).
codex plugin add life-science-research@openai-curatedFonctionne avec
- Codex
Source : README : collection de plugins Codex ; la marketplace du dépôt s’appelle « Codex official ». D’autres agents ne sont pas nommés.
Niveau : Intermédiaire
Suppose un projet déjà en place chez l’éditeur et les outils décrits dans le SKILL.md.
À savoir
Extrait du SKILL.md
La description d’origine, celle que l’agent lit pour décider de charger la skill (en anglais) :
Fetch compact UKB-TOPMed PheWAS summaries for single variants by accepting rsID, GRCh37, or GRCh38 input and resolving to the required GRCh38 query. Use when a user wants concise UKB-TOPMed association results for one variant
Citée depuis le SKILL.md au commit fb0a183 . Le dossier contient aussi 3 fichiers annexes (agents/, scripts/).
Le SKILL.md compte 36 lignes et 6 sections principales :
- Operating rules
- Execution behavior
- Input
- Output
- Execution
- References
Licence : Aucune licence trouvée
Vérifiée le 10 novembre 2026 sur : aucun fichier de licence dans le dossier ni à la racine du dépôt.
Aucune licence trouvée : extrait court cité uniquement (droit de courte citation). Pour le texte complet, consultez la source.
Commentaires.
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