En bref
Cette skill interroge l’API STRING pour des réseaux d’interactions protéiques et des partenaires, en résumé compact. Tous les appels passent par `rest_request.py`, en `POST` avec un `form_body` : STRING n’est pas interrogé en GET simple. Le `form_body` inclut un `caller_identity`, que l’on garde stable dans une même session autant que possible. Pour `network` et `interaction_partners`, on part de `limit=10` côté API et de `max_items=10`. L’hôte documenté est `https://string-db.org/api/json`. Le rendu par défaut est un Markdown court issu du JSON ; une sortie machine n’est fournie que si elle est demandée. En discussion longue, on relance ; un `...` d’aperçu n’entre pas dans la requête.
Ce que ça fait
- Interroge STRING en `POST` avec un `form_body`, via `rest_request.py`.
- Inclut un `caller_identity` stable dans la session, sur les chemins `network` et `interaction_partners`.
- Part de `limit=10` et `max_items=10` pour les réseaux et les partenaires.
- Rend un Markdown compact, JSON brut seulement sur demande.
Pour qui, et un exemple
Les équipes qui cartographient un réseau d’interactions STRING autour d’une protéine, et veulent d’abord un voisinage compact plutôt que tout le graphe.
Exemple de demande : « Donne le réseau STRING de TP53 chez l’humain, en POST, avec un caller_identity stable, limité à une dizaine d’interactions. »
On s’en sert pour une synthèse STRING (réseau ou partenaires d’interaction), dès qu’un aperçu compact de l’API suffit. Exemple rédigé par iadujour.fr à partir du SKILL.md, non testé.
Installer
Dans Codex : codex plugin add life-science-research@openai-curated (marketplace officielle du dépôt).
codex plugin add life-science-research@openai-curatedFonctionne avec
- Codex
Source : README : collection de plugins Codex ; la marketplace du dépôt s’appelle « Codex official ». D’autres agents ne sont pas nommés.
Niveau : Intermédiaire
Suppose un projet déjà en place chez l’éditeur et les outils décrits dans le SKILL.md.
À savoir
Extrait du SKILL.md
La description d’origine, celle que l’agent lit pour décider de charger la skill (en anglais) :
Submit compact STRING API requests for network, interaction partner, and enrichment endpoints. Use when a user wants concise STRING summaries
Citée depuis le SKILL.md au commit 27651a4 . Le dossier contient aussi 2 fichiers annexes (agents/, scripts/).
Le SKILL.md compte 36 lignes et 6 sections principales :
- Operating rules
- Execution behavior
- Input
- Output
- Execution
- References
Licence : Aucune licence trouvée
Vérifiée le 10 novembre 2026 sur : aucun fichier de licence dans le dossier ni à la racine du dépôt.
Aucune licence trouvée : extrait court cité uniquement (droit de courte citation). Pour le texte complet, consultez la source.
Commentaires.
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