En bref
Cette skill interroge le ContentService Reactome pour des voies, des événements et leurs participants, en format compact. Les appels passent par `rest_request.py` vers `https://reactome.org/ContentService`. Une voie ou un événement isolé n’a en général pas besoin de `max_items` ; une liste d’appartenance à une voie se traite mieux avec `max_items=10`. On peut par exemple lister les voies de bas niveau d’une protéine (`data/pathways/low/entity/…`, avec une espèce) ou les participants d’un événement (`data/participants/…`). Le rendu par défaut est un Markdown court, avec l’en-tête JSON habituel ; le brut n’est livré que s’il est demandé. On relance en conversation longue, et l’on ne recopie pas un `...` d’aperçu.
Ce que ça fait
- Interroge Reactome ContentService (voie, événement, participants) via `rest_request.py`.
- Plafonne les listes d’appartenance ; une voie isolée n’a en général pas besoin de `max_items`.
- Rend un résumé Markdown, JSON brut seulement sur demande.
- Relance plutôt que de s’appuyer sur une sortie ancienne.
Pour qui, et un exemple
Les biologistes des voies qui veulent un aperçu Reactome d’un événement ou des voies d’une protéine, sans dérouler tout le graphe.
Exemple de demande : « Quelles voies humaines de bas niveau concernent P38398 dans Reactome ? Résume aussi les participants de R-HSA-199420. »
On l’ouvre pour une synthèse Reactome (voie, événement, participants) dès qu’un résumé compact du ContentService suffit. Exemple rédigé par iadujour.fr à partir du SKILL.md, non testé.
Installer
Dans Codex : codex plugin add life-science-research@openai-curated (marketplace officielle du dépôt).
codex plugin add life-science-research@openai-curatedFonctionne avec
- Codex
Source : README : collection de plugins Codex ; la marketplace du dépôt s’appelle « Codex official ». D’autres agents ne sont pas nommés.
Niveau : Intermédiaire
Suppose un projet déjà en place chez l’éditeur et les outils décrits dans le SKILL.md.
À savoir
Extrait du SKILL.md
La description d’origine, celle que l’agent lit pour décider de charger la skill (en anglais) :
Submit compact Reactome ContentService requests for pathway, event, participant, search, and diagram-related data. Use when a user wants concise Reactome summaries
Citée depuis le SKILL.md au commit 27651a4 . Le dossier contient aussi 2 fichiers annexes (agents/, scripts/).
Le SKILL.md compte 34 lignes et 6 sections principales :
- Operating rules
- Execution behavior
- Input
- Output
- Execution
- References
Licence : Aucune licence trouvée
Vérifiée le 10 novembre 2026 sur : aucun fichier de licence dans le dossier ni à la racine du dépôt.
Aucune licence trouvée : extrait court cité uniquement (droit de courte citation). Pour le texte complet, consultez la source.
Commentaires.
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