En bref
Cette skill interroge le RCSB PDB pour des métadonnées de cœur, des recherches via l’API Search, et des téléchargements FASTA, en format compact. Les appels passent par `rest_request.py`. Une consultation d’entrée ou d’assemblage n’a en général pas besoin de `max_items` ; une recherche se traite mieux avec une pagination d’environ 10 lignes et `max_items=10`. On privilégie les endpoints de métadonnées de cœur pour une fiche ciblée, et des requêtes Search en POST pour la découverte. Le rendu par défaut est un Markdown court, parfois un `text_head` pour un FASTA ; le JSON ou le FASTA brut n’est enregistré que s’il est demandé. En discussion longue, on relance ; un `...` d’interface n’est pas à recopier.
Ce que ça fait
- Interroge le RCSB PDB (métadonnées de cœur, Search API, FASTA) via `rest_request.py`.
- Plafonne les résultats de Search à une dizaine d’entrées ; une fiche d’entrée n’a en général pas besoin de plafond.
- Privilégie le cœur pour une consultation ciblée, et un POST Search pour la découverte.
- Rend un Markdown compact, et ne sauvegarde le JSON ou le FASTA que sur demande.
Pour qui, et un exemple
Les structuralistes qui veulent un aperçu RCSB d’une entrée PDB, d’un assemblage ou d’une recherche, sans télécharger tout le FASTA par défaut.
Exemple de demande : « Donne les métadonnées de cette entrée PDB, puis cherche une dizaine de structures proches ; ne sauvegarde le FASTA que si je le demande. »
On l’ouvre pour une synthèse RCSB PDB (fiche, recherche ou FASTA) en format compact. Exemple rédigé par iadujour.fr à partir du SKILL.md, non testé.
Installer
Dans Codex : codex plugin add life-science-research@openai-curated (marketplace officielle du dépôt).
codex plugin add life-science-research@openai-curatedFonctionne avec
- Codex
Source : README : collection de plugins Codex ; la marketplace du dépôt s’appelle « Codex official ». D’autres agents ne sont pas nommés.
Niveau : Intermédiaire
Suppose un projet déjà en place chez l’éditeur et les outils décrits dans le SKILL.md.
À savoir
Extrait du SKILL.md
La description d’origine, celle que l’agent lit pour décider de charger la skill (en anglais) :
Submit compact RCSB PDB requests for core metadata, Search API queries, and FASTA downloads. Use when a user wants concise RCSB summaries; save raw JSON or FASTA only on request.
Citée depuis le SKILL.md au commit 27651a4 . Le dossier contient aussi 2 fichiers annexes (agents/, scripts/).
Le SKILL.md compte 33 lignes et 6 sections principales :
- Operating rules
- Execution behavior
- Input
- Output
- Execution
- References
Licence : Aucune licence trouvée
Vérifiée le 10 novembre 2026 sur : aucun fichier de licence dans le dossier ni à la racine du dépôt.
Aucune licence trouvée : extrait court cité uniquement (droit de courte citation). Pour le texte complet, consultez la source.
Commentaires.
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