En bref
Cette skill interroge l’API du catalogue GWAS pour des études et des associations, en résumé compact. Les appels passent par `rest_request.py` vers `https://www.ebi.ac.uk/gwas/rest/api/v2`. Sur une collection, on part de `size=10` et `max_items=10`, avec un `record_path` du type `_embedded.studies` ou `_embedded.associations`. Une ressource isolée, par exemple `studies/<accession>`, n’a en général pas besoin de `max_items`. On peut filtrer une étude par trait EFO, ou une association par gène annoté (`mapped_gene`). Le rendu par défaut est un Markdown court ; le JSON machine n’est fourni que s’il est demandé. En discussion longue, on relance ; un `...` d’aperçu reste une troncature.
Ce que ça fait
- Interroge le catalogue GWAS v2 (études et associations) via `rest_request.py`.
- Plafonne les collections (`size` et `max_items` à 10) ; une étude par identifiant n’a en général pas besoin de plafond.
- S’appuie typiquement sur `_embedded.studies` ou `_embedded.associations` comme chemin d’enregistrements.
- Rend un Markdown compact, JSON brut seulement sur demande.
Pour qui, et un exemple
Les curateurs et analystes GWAS qui veulent un aperçu d’études ou d’associations du catalogue EBI, sans paginer tout le trait.
Exemple de demande : « Liste une dizaine d’études du catalogue GWAS pour le trait EFO asthme, puis les associations liées à BRCA1. »
On l’ouvre pour une synthèse du catalogue GWAS (étude ou association) en format compact. Exemple rédigé par iadujour.fr à partir du SKILL.md, non testé.
Installer
Dans Codex : codex plugin add life-science-research@openai-curated (marketplace officielle du dépôt).
codex plugin add life-science-research@openai-curatedFonctionne avec
- Codex
Source : README : collection de plugins Codex ; la marketplace du dépôt s’appelle « Codex official ». D’autres agents ne sont pas nommés.
Niveau : Intermédiaire
Suppose un projet déjà en place chez l’éditeur et les outils décrits dans le SKILL.md.
À savoir
Extrait du SKILL.md
La description d’origine, celle que l’agent lit pour décider de charger la skill (en anglais) :
Submit compact GWAS Catalog REST API v2 requests for studies, associations, SNPs, EFO traits, genes, publications, loci, and metadata. Use when a user wants concise GWAS Catalog summaries
Citée depuis le SKILL.md au commit 27651a4 . Le dossier contient aussi 2 fichiers annexes (agents/, scripts/).
Le SKILL.md compte 36 lignes et 6 sections principales :
- Operating rules
- Execution behavior
- Input
- Output
- Execution
- References
Licence : Aucune licence trouvée
Vérifiée le 10 novembre 2026 sur : aucun fichier de licence dans le dossier ni à la racine du dépôt.
Aucune licence trouvée : extrait court cité uniquement (droit de courte citation). Pour le texte complet, consultez la source.
Commentaires.
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