En bref
Cette skill interroge l’API EpiGraphDB pour des liens entre traits, gènes et médicaments, en format compact — par exemple une correspondance ontologique GWAS-EFO, ou les médicaments liés à un gène. Les appels passent par `rest_request.py` vers `https://api.epigraphdb.org`. On part de `max_items=10` sur les endpoints de liste ; on baisse le plafond si une réponse littéraire ou par paires s’étend trop vite. Un exemple typique est `ontology/gwas-efo` avec un trait, un seuil de score et une option floue, ou `gene/drugs` avec un nom de gène. Le rendu par défaut est un Markdown court ; le JSON n’est recopié que s’il est demandé. On relance en conversation longue, et l’on ne recopie pas un `...` d’interface.
Ce que ça fait
- Interroge EpiGraphDB (correspondances GWAS-EFO, gène-médicaments, et autres chemins documentés) via `rest_request.py`.
- Part de `max_items=10` sur les listes, et resserre le plafond si la réponse s’étend trop.
- Rend un résumé Markdown, et n’enregistre le brut que sur demande.
- Relance plutôt que de réutiliser une sortie ancienne dans une longue discussion.
Pour qui, et un exemple
Les épidémiologistes et les équipes de randomisation mendélienne qui veulent un aperçu EpiGraphDB d’un trait, d’un gène ou d’un médicament, sans tout extraire.
Exemple de demande : « Relie le trait asthme aux termes EFO dans EpiGraphDB, avec un seuil de score, puis liste les médicaments liés à IL6R. »
À lancer pour une synthèse EpiGraphDB compacte : correspondance de trait, lien gène-médicament, ou autre endpoint documenté. Exemple rédigé par iadujour.fr à partir du SKILL.md, non testé.
Installer
Dans Codex : codex plugin add life-science-research@openai-curated (marketplace officielle du dépôt).
codex plugin add life-science-research@openai-curatedFonctionne avec
- Codex
Source : README : collection de plugins Codex ; la marketplace du dépôt s’appelle « Codex official ». D’autres agents ne sont pas nommés.
Niveau : Intermédiaire
Suppose un projet déjà en place chez l’éditeur et les outils décrits dans le SKILL.md.
À savoir
Extrait du SKILL.md
La description d’origine, celle que l’agent lit pour décider de charger la skill (en anglais) :
Submit compact EpiGraphDB API requests for ontology, literature, MR, gene-drug, and support-path evidence. Use when a user wants concise EpiGraphDB summaries
Citée depuis le SKILL.md au commit 27651a4 . Le dossier contient aussi 2 fichiers annexes (agents/, scripts/).
Le SKILL.md compte 34 lignes et 6 sections principales :
- Operating rules
- Execution behavior
- Input
- Output
- Execution
- References
Licence : Aucune licence trouvée
Consultée le 10 novembre 2026 : aucun fichier de licence dans le dossier ni à la racine du dépôt.
Aucune licence trouvée : extrait court cité uniquement (droit de courte citation). Pour le texte complet, consultez la source.
Commentaires.
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