En bref
Cette skill interroge l’API du projet ENCODE pour des objets et des recherches de portail, en résumé compact. Les appels passent par `rest_request.py` vers `https://www.encodeproject.org`. Une consultation d’objet n’a en général pas besoin de `max_items` ; une recherche de type portail se traite mieux avec `limit=10` et `max_items=10`, un `format=json`, un `record_path` `@graph` et un en-tête `Accept: application/json`. Un exemple typique est une recherche d’expériences (`type=Experiment`, par exemple `assay_term_name=RNA-seq`). Le rendu par défaut est un Markdown court ; le JSON n’est recopié que s’il est demandé. On relance en discussion longue, et l’on ne reprend pas un `...` d’interface dans la requête.
Ce que ça fait
- Interroge l’API ENCODE (objet ou recherche de portail) via `rest_request.py`.
- Plafonne les recherches (`limit` et `max_items` à 10) ; un objet isolé n’a en général pas besoin de plafond.
- Utilise typiquement `record_path` `@graph` et un en-tête JSON sur les recherches.
- Rend un Markdown compact, brut seulement sur demande.
Pour qui, et un exemple
Les consortiums et équipes d’épigénomique qui cherchent une expérience ENCODE et veulent un aperçu compact, pas un export intégral du portail.
Exemple de demande : « Trouve une dizaine d’expériences ENCODE en RNA-seq et résume-les à partir de l’API du portail. »
On y recourt pour une synthèse ENCODE (fiche d’objet ou recherche d’expériences) en format compact. Exemple rédigé par iadujour.fr à partir du SKILL.md, non testé.
Installer
Dans Codex : codex plugin add life-science-research@openai-curated (marketplace officielle du dépôt).
codex plugin add life-science-research@openai-curatedFonctionne avec
- Codex
Source : README : collection de plugins Codex ; la marketplace du dépôt s’appelle « Codex official ». D’autres agents ne sont pas nommés.
Niveau : Intermédiaire
Suppose un projet déjà en place chez l’éditeur et les outils décrits dans le SKILL.md.
À savoir
Extrait du SKILL.md
La description d’origine, celle que l’agent lit pour décider de charger la skill (en anglais) :
Submit compact ENCODE REST API requests for object lookups, portal-style search, and metadata retrieval. Use when a user wants concise ENCODE summaries
Citée depuis le SKILL.md au commit 768f4e7 . Le dossier contient aussi 2 fichiers annexes (agents/, scripts/).
Le SKILL.md compte 34 lignes et 6 sections principales :
- Operating rules
- Execution behavior
- Input
- Output
- Execution
- References
Licence : Aucune licence trouvée
Vérifiée le 10 novembre 2026 sur : aucun fichier de licence dans le dossier ni à la racine du dépôt.
Aucune licence trouvée : extrait court cité uniquement (droit de courte citation). Pour le texte complet, consultez la source.
Commentaires.
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