En bref
Cette skill interroge l’API de la base AlphaFold pour une prédiction, un résumé UniProt ou de séquence, et des annotations, en format compact. Les appels passent par `rest_request.py` vers `https://alphafold.ebi.ac.uk/api`. On ne pose `max_items` que pour élaguer une réponse riche en tableaux ; une fiche isolée n’en a en général pas besoin. Pour `sequence/summary` ou `annotations`, on commence autour de `max_items` 3 à 5. Un exemple typique est `annotations/Q5VSL9.json` avec `type=MUTAGEN`, ou `prediction/Q5VSL9`. Le rendu par défaut est un Markdown court ; le JSON n’est fourni que s’il est demandé. En discussion longue, on relance ; un `...` d’interface n’est pas à recopier.
Ce que ça fait
- Interroge l’API AlphaFold (prédiction, résumé UniProt ou de séquence, annotations) via `rest_request.py`.
- N’impose `max_items` que pour élaguer ; pour une séquence ou des annotations, on part de 3 à 5.
- Rend un résumé Markdown, JSON brut seulement sur demande.
- Relance la requête dans une conversation longue plutôt que de s’appuyer sur une ancienne sortie.
Pour qui, et un exemple
Les modélisateurs de structure qui veulent un aperçu AlphaFold d’une prédiction ou d’une annotation, sans extraire tout le tableau d’annotations.
Exemple de demande : « Résume la prédiction AlphaFold de Q5VSL9 et ses annotations MUTAGEN, en restant sur quelques éléments. »
On y recourt pour une synthèse AlphaFold (prédiction, résumé, annotations) en format compact. Exemple rédigé par iadujour.fr à partir du SKILL.md, non testé.
Installer
Dans Codex : codex plugin add life-science-research@openai-curated (marketplace officielle du dépôt).
codex plugin add life-science-research@openai-curatedFonctionne avec
- Codex
Source : README : collection de plugins Codex ; la marketplace du dépôt s’appelle « Codex official ». D’autres agents ne sont pas nommés.
Niveau : Intermédiaire
Suppose un projet déjà en place chez l’éditeur et les outils décrits dans le SKILL.md.
À savoir
Extrait du SKILL.md
La description d’origine, celle que l’agent lit pour décider de charger la skill (en anglais) :
Submit compact AlphaFold Protein Structure Database API requests for prediction, UniProt summary, sequence summary, and annotation lookups. Use when a user wants AlphaFold metadata or concise structure summaries
Citée depuis le SKILL.md au commit 27651a4 . Le dossier contient aussi 2 fichiers annexes (agents/, scripts/).
Le SKILL.md compte 36 lignes et 6 sections principales :
- Operating rules
- Execution behavior
- Input
- Output
- Execution
- References
Licence : Aucune licence trouvée
Consultée le 10 novembre 2026 : aucun fichier de licence dans le dossier ni à la racine du dépôt.
Aucune licence trouvée : extrait court cité uniquement (droit de courte citation). Pour le texte complet, consultez la source.
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